虽说服务器虚拟化带来了各种好处，但从存储角度来看，服务器虚拟化并不那么讨人喜欢，它带来很多问题，包括主存储和备份存储的巨大I/O瓶颈，以及复杂的灾难恢复等。
在服务器虚拟化不断广泛应用的同时，带来了一系列的新的存储难题：
服务器虚拟化带来的存储瓶颈：一、存储性能下降以及I/O瓶颈
让IT管理员非常郁闷的是，存储性能增长速度相比于计算能力的增长，其明显要慢得多。对于虚拟化而言，I/O瓶颈和缓慢的存储性能成为头号难题。 “虚拟化可以让你在单个物理硬盘上进行频繁的操作，但这会产生大量的I/O流，所以会加大了磁盘的工作工作负载，并且缓存越来越难对性能进行提升，”Taneja Group高级分析师Jeff Boles表示，“虚拟化能够让我们完成比实际计算能力更多的工作。”
服务器虚拟化带来的存储瓶颈：二、更复杂的数据备份和灾难恢复
这方面最大的错误之一就是试图使用传统备份方法来保护虚拟基础设施。对于传统备份，从硬件上的虚拟机数量来看，降级和备份性能并不只是线性降级。你想在夜晚保护这些虚拟服务器，而这无疑将制造一场备份争夺战。而当你试图在这一台物理服务器上同时进行10个备份，服务器内部的内存、CPU、网络和存储将出现激烈争斗。
使问题更加复杂的是工作负载迁移工具(例如VMware的Storage vMotion)，这些工具可以让用户在共享存储位置之间迁移虚拟机磁盘文件，必须保持与这些随时可能迁移的虚拟服务器相关的备份的有效进行，这又可能陷入其他瓶颈，真是让人头痛的问题。
服务器虚拟化带来的存储瓶颈：三、虚拟桌面的I/O困境
虚拟桌面I/O工作负载正在严重“折磨”硬盘阵列。现在恐怕只有入门者还在运行个人工作站的传统I/O工作负载，而大部分IT部门都在运行成千上万个虚拟桌面，且是在单个存储平台进行，这造成了极大的I/O 混乱。
“他们在磁盘的不同位置进行顺序I/O操作，从阵列角度来看，这无疑使简单易用的顺序I/O模式变成了讨厌的随机I/O模式，”固态存储阵列制造商WhipTail Technologies公司James Candelaria表示。
这对于传统存储阵列是个严重的问题，因为很多公司没有足够的缓存来处理涌入的数据，这就会出现缓存故障，减慢系统速度。
服务器虚拟化带来的存储瓶颈：四、难以管理共享存储
企业通常有很多不同的工作负载存储在存储系统中，对于管理员而言，存储卷、每卷支持的工作负载、对每卷的要求以及什么占用容量之间并不存在明确的关联性。
服务器虚拟化带来的存储瓶颈：五、存储基础设施需要同时适应物理和虚拟环境
与备份和恢复困境相似，很多管理员表示很难将其存储基础设施适应于传统和虚拟混合环境。
服务器虚拟化带来的存储瓶颈：六、为虚拟服务器选择正确的网络存储存在困难
“如果选择正确的话，网络存储可以带来很多好处，你可以获得更好的性能，更简化的流程，”Boles表示，但是选择正确的解决方案在很大程度上取决于企业的目标。
在普渡大学克兰纳特管理学院，IT部门的首要任务不是虚拟环境的24*7可用性，而是更快的恢复时间，如果系统崩溃的话，IT经理Jeff Ellow表示。
在不造成巨大性能损失的情况下，虚拟化存储密集型服务器需要一定水平的存储性能，而这是SAN无法实现的。很明显适合普渡大学的是10千兆的 iSCSI，但是成本是个很大的问题。普渡大学最终选择了LSI 6Gbps SAS 交换技术，该技术提供了故障转移SAN的优势以及端到端本地SAS 6Gbps数据路径的性能，更重要的是，成本也在他们可以接受的水平。
